1962年12月5日，文莱立法会召开了第一次会议。在这次会议上，文莱人民党提出了一项要求，提议将北婆罗洲和砂劳越的主权归还给苏丹，旨在将文莱、砂劳越与北婆罗洲合并为一个联邦，并确保文莱不会加入马来西亚，同时争取文莱在1963年实现完全独立的目标。

　　然而，这项动议在当场被立法会发言人拒绝，可能是在文莱苏丹的授权下作出的决定。文莱苏丹早在1962年4月通过一项关于“大马计划”的动议时，就已获得了立法会的全力支持，以24票对4票的压倒性胜利，授予他全权负责文莱加入“大马计划”的事宜。显然，苏丹不愿意与文莱人民党分享这一权力，且并不认同他们的提案。当文莱人民党无法通过合法手段阻止“大马计划”时，他们的部分领导人决定在12月8日发动文莱起义。

　　需要特别说明的是，文莱人民党的领袖阿扎哈里并未亲自参与起义。那天，他正在马尼拉。起义的实际指挥者是文莱人民党的秘书长亚辛·阿凡迪，他以北加里曼丹国民军为基础，组织并领导了这场军事变革，自称为国民军总指挥。

　　文莱起义的核心目标是建立一个独立的北婆罗洲联邦。实际上，这并非一次反对文莱苏丹的起义，因为起义的目标依然是君主立宪制国家，文莱苏丹将继续担任该联邦的领导人。因此，文莱起义的性质更接近于一次像明治维新那样的变革，而非推翻现有政权的辛亥革命。

　　在起义初期，国民军通过提出“清君侧”的口号，吸引了许多文莱平民加入叛军，他们都以为这是为苏丹而战的正义之举。然而，国民军的失败几乎在起义的第一天就已注定，因为他们未能控制文莱苏丹的人身自由，苏丹在12月9日成功逃脱。当天，文莱苏丹发布了重要的公告，声明自己与起义无关，这一声明迅速削弱了起义的合法性，苏丹的支持者纷纷放下武器，局势急剧恶化。到12月11日，文莱主要城市的叛乱几乎被，而12月12日，起义最为活跃的林梦地区也被收复，至12月20日，文莱起义最终宣告失败。

　　同日，文莱苏丹宣布文莱人民党为非法组织，并将阿扎哈里列为通缉犯。随即，他解散了立法会，并成立了一个14人组成的紧急议会，其中10名成员由苏丹亲自任命，其余4名则由原议会按职务顺序继任，包括文莱事务高级专员怀特。

　　此时，文莱苏丹成为了文莱起义的最大受益者，彻底掌握了国家的最高权力，而8月区议员选举的结果也随着文莱人民党的失败被历史尘封。可以说，文莱起义不仅未能削弱苏丹的权威，反而加固了他对立法会的掌控，而文莱人民党则成为了一个非法政党。但这场起义并非毫无意义，至少它促使英国重新思考是否能依赖文莱苏丹实现“大马计划”的目标。

　　文莱起义后，英国开始对苏丹的民族主义立场产生疑虑。1962年12月15日，时任文莱事务高级专员的怀特提出了对文莱起义的初步分析。他认为，文莱起义实际上对“大马计划”的实施构成了威胁，“这场叛乱破坏了文莱苏丹在国内的权威，给文莱在‘大马计划’中的角色带来了不确定性，这种不安定的因素甚至有可能像传染病一样蔓延到砂劳越和北婆罗洲。”

　　此时，怀特依然认为文莱苏丹是起义的受害者，且起义的目的是推翻现有的文莱政府。然而，仅仅五天后，文莱苏丹便公开声明“文莱人民党非法，通缉阿扎哈里”，这一表态使得怀特改变了之前的看法。必须强调的是，尽管文莱起义在12月20日得以，但具体的审讯工作尚未完成。

　　如前所述，阿扎哈里在起义期间一直身处马尼拉，虽然他偶尔通过马尼拉媒体声援起义，但没有直接证据说明他是起义的策划者。尽管文莱人民党的一些高层成员参加了起义，但是否能因此断定阿扎哈里与起义有直接关系仍然难以确认。然而，在没有确凿证据的情况下，文莱苏丹宣布文莱人民党为非法并发布对阿扎哈里的通缉令，这一决定让怀特开始怀疑，文莱苏丹是否早已知道起义会爆发。

　　12月20日当天，怀特又向桑蒂斯写信指出：“依照我们所掌握的文莱人民党的宣言，他们的主要目标是建立一个以文莱为领导的婆罗洲联邦，阿扎哈里将担任该联邦的首相，而文莱苏丹将继续领导联邦。”即使国防军所设想的北婆罗洲联邦也是一个君主立宪制国家，文莱苏丹仍将在起义成功后继续领导该国。

　　怀特还指出，文莱苏丹已经经过几个月的研究与调查，最终决定向英国正式请求，将林梦地区归还给文莱。这一些状况表明，不论是文莱人民党还是北加里曼丹国防军，他们的目的依旧是建立一个君主立宪制国家，而文莱苏丹将是这一体制的最终受益者。同时，起义军的目标之一便是进攻并试图收复林梦地区，军事行动与文莱苏丹在1959年向英国提出的要求一致。因此，怀特认为，“这场变革假如没有，没有外国人生命财产受到威胁，英国就不会介入。”怀特的信中毫不保留地列出了文莱苏丹与阿扎哈里的密切关系，现在他认为，苏丹一开始就已经知晓起义的爆发。

　　塞尔扣克也同意怀特的推测，认为文莱苏丹并非一个让人信服的民族主义者。他在写给麦克米伦的信中指出，“虽然我没有确凿证据，但我和文莱事务高级专员一样，都认为文莱苏丹对这场叛乱的发生并非全然不知。”然而，对英国而言，尽管他们心生疑虑，却没有有效的手段来采取行动。毕竟，起义爆发后，文莱苏丹并没有明确说反对“大马计划”，比如通过强力手段将苏丹更换为支持“大马计划”的民族主义领袖。但这个人正是阿扎哈里，而他此时已被通缉。

　　怀特在备忘录中指出，支持“大马计划”的文莱民族主义领导人不止文莱苏丹一人。事实上，阿扎哈里一直与马来亚联合邦的敦阿都保持联系，他曾向马来人承诺，如果他成为文莱的领导人，他将带领文莱人民党接受“大马计划”，马来人对此表示默许，并邀请阿扎哈里的代表团访问马来亚。怀特自己也未试图掩饰对阿扎哈里的认同，他曾在1961年9月的报告中评价阿扎哈里：“作为民族主义领袖，他现在显得比较温和，和他共事并不令人感到不愉快。”

　　即使在起义前，英国官员的圈子里也曾流传一种说法，认为英国可能在文莱加入马来西亚并实现独立后，安排阿扎哈里担任文莱的官员。起义后，英国驻雅加达的大使曾与阿扎哈里接触，并提出让他支持“大马计划”。虽然没有直接证据说明这种安排确实存在，但在1963年1月4日，塞尔扣克写给副殖民大臣次官助理华莱士的信中，暗示这一安排并非空穴来风。信中提到，“目前的判断是，阿扎哈里不能担任独立后文莱的官员职位。”由此可见，英国确实曾考虑过安排阿扎哈里担任文莱官员的计划，只是由于起义的爆发，计划被搁置。然而，随着阿扎哈里被通缉，英国只能放下对文莱苏丹的不信任，继续与他合作，捍卫苏丹统治的合法性，并推进“大马计划”。